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如果苹果手机短信应用中的短信都消失了但仍然显示有数百个号码，可能有以下几种原因。
1、未删除的短信被隐藏：有时手机可能因为系统问题或误操作导致短信被暂时隐藏而非真正删除，这种情况下，可以通过搜索功能或重新进入短信应用来查看是否还能找回这些短信。
2、短信缓存或数据库问题：手机中的短信数据存储在数据库中，如果数据库出现问题或缓存未更新，可能会出现短信消失但数量仍然显示的情况，可以尝试重启手机来解决这个问题。
3、未完全清空短信垃圾箱：有些手机会将已删除的短信移动到垃圾箱中，如果垃圾箱没有被完全清空，仍然会显示短信数量，可以检查垃圾箱中是否有未删除的短信。
4、运营商数据同步问题：手机与运营商之间的数据同步出现问题时，也可能导致短信显示异常，可以尝试手动刷新数据或联系运营商解决。
5、系统错误或软件问题：如果以上方法都无法解决问题，可能是手机系统出现了错误或软件问题，可以尝试更新系统或恢复手机设置来解决，如果问题仍然存在，可能需要联系苹果官方客服或前往苹果专卖店寻求帮助。
至于显示的几百个号码，如果这些号码不是联系人列表中的已知联系人，可能是未保存的号码或者是系统错误导致的异常显示，可以尝试清除短信应用的缓存和数据，或者重启手机来查看是否解决了这个问题，如果问题仍然存在，建议联系苹果官方客服以获得更专业的帮助。